Jak pomoci najít lék na koronavirus

Časy jsou momentálně lehce zběsilé. Kvůli novému koronaviru SARS-CoV-2 způsobujícímu nemoc COVID-19 umírají lidé po tisících denně. A Češi se k tomu postavili různě. Jedna skupina nic neřeší a dál si bere v Kauflandu rohlíky holýma rukama bez roušky, jiné lidi jsme mezi námi od ledna neviděli, protože nakoupili zásoby fazolí na půl roku a zabarikádovali se v podzemním bunkru na zahradě.

Pokud jste už ušili roušky pro celou vesnici a všem důchodcům v ulici jste donesli nákup, možná přemýšlíte, jak dále pomoci proti šíření viru. Jedna z těch jednodušších věcí je pomoci zkoumat lék proti němu.

Nebojte se, nebudete potřebovat doktorát z molekulární biologie, od toho jsou tu jiní. Stačí mít doma počítač, klidně starý notebook, který nepoužíváte – a zapojit ho do systému, kde bude s tisíci dalšími počítači hledat lék.

Jak to funguje? Hledají se takové konfigurace bílkovin, které pomůžou s vývojem léků proti různým virovým onemocněním, aktuálně hlavně proti COVID-19. A váš počítač v tom může pomoci.

Výpočty u obou projektů běží buď, když je spustíte, nebo se dá nastavit automatické zapínání, kdykoliv váš počítač není používán (ale je zapnutý).

Vím momentálně o dvou projektech, do kterých se můžete zapojit. Rosetta@home a Folding@home.

Rosetta@home

Rosetta@home je poměrně známý projekt, do kterého jsou zapojeny desítky tisíc zařízení – zapojením budete hledat nejen proteiny, které pomohou s bojem proti SARS-CoV-2 , ale i proti HIV a jiným vážným virovým onemocněním.

Jak na to

Stránky i software jsou z velké části v češtině, takže i pokud nevládnete anglicky, tak se neztratíte. Jednoduše stáhnete BOINC (software, který výpočty zastřešuje, pro Rosettu stačí verze bez Virtualboxu), odklikáte průvodce instalací (doporučuji v části „Customize installation options“ kliknout na „Advanced“ a zrušit zaškrtnutí u všech položek, pokud jsou zaškrtlé – pokud nechcete screensaver). Na konci spusťte BOINC Manager.

Po spuštění musíte zvolit projekt, protože BOINC neslouží jen pro Rosettu, ale i pro jiné distribuované výpočty. V menu „Kategorie“ zvolte „Biologie a medicína“ a v projektech poté Rosetta@home. Potvrďte, pak se stačí zaregistrovat (stačí e-mail a heslo, další údaje a připojení do týmu jsou volitelné) a můžete začít počítat. Tedy spíše váš počítač. Stažení zadání chvíli trvá a zabere vám pár gigabajtů na disku.

Pak už budete automaticky počítat, dokud BOINC nevypnete včetně klienta. Rosetta vám plně vytíží všechna jádra procesoru a vezme si k tomu něco přes 1 GB RAM (na mém šestijádrovém procesoru).

Pár tipů

  • Váš počítač počítá více úloh zároveň, přepínat mezi nimi můžete v drop-down menu „Úkoly“. Případně si přepněte na pokročilé zobrazení v menu Zobrazení.
  • Pokud chcete vidět ve 3D, co vlastně počítáte, klikněte na „Příkazy úkolu“ a „Zobrazit grafiku“.
  • Doporučuji co nejdřív jít do menu „Možnosti“ – „Výpočetní předvolby“ a nastavit si, kdy chcete, aby počítač počítal. Pokud budete surfovat po Internetu, výpočty můžou běžet klidně u toho. Stříhat video, nebo hrát náročné hry u toho ale asi nepůjde. Nastavit jde leccos, pokud si s tím chcete vyhrát.

Folding@home

Folding@home je možná trochu méně známý, ale určitě stojí za vyzkoušení. Jen tentokrát nečekejte český překlad. Slibuje výpočty, které pomohou při vývoji léků proti rakovině, COVID-19 i chřipce (a samozřejmě mnoha jiným).

Jak na to

Opět budete muset začít stažením instalačního souboru, který poté spustíte. V nastavení instalace doporučuji vybrat „Custom install“, jinak se vám program nainstaluje s automatickým spouštěním při startu a spouštěním spořiče obrazovky.

Po instalaci se vám spustí Folding@home – pokud ne, spusťte ho manuálně. Potvrďte výjimku ve firewallu a otevře se vám v prohlížeči okno s nastavením. To je jednoduché a přehledné a zvládnete ho i se základy angličtiny. Pokud chcete skončit s výpočty, nestačí zavřít okno v prohlížeči, musíte kliknout na Stop Folding.

Nevýhodou Folding@home je, že v poslední době chtějí všichni pomáhat a nestíhá dodávat práci. Je tak možné, že velkou část času nic počítat nebudete. To je i případ v době psaní tohoto článku. Když jsem druhý den konečně dostal práci, nebylo to navíc na SARS-CoV-2, ale na studii myosinů. Věřím, že je to také důležité, ale víte jak… Navíc tento výpočet ukazuje v 3D náhledu jen demo, což je škoda. Vidět tam něco takového, tak je hned víc motivace.

Folding@home využil na počítači pouze pět z šesti jader i při nastavení „Power“ na „Full“ – může to být ale konkrétním výpočtem (např. potřebuje lichý počet jader).

Tipy

  • Folding@home můžete ovládat i pomocí tray ikonky. Ta navíc nabízí i přístup k pokročilému nastavení a 3D prohlížeči aktuálních proteinů, jako má BOINC.

Který zvolit?

Folding@home má jednodušší instalaci a jednoduché webové rozhraní, ale… nemá často co počítat. V době, kdy čtete tento článek, to může už být jinak, ale aktuálně volím BOINC s Rosettou. Má sice trochu složitější rozhraní, ale jde o dlouho zavedený projekt, je v češtině a hlavně váš počítač dokáže aktuálně zaměstnat.

Oba projekty umí využívat jak procesor, tak grafickou kartu, ale ani jeden aktuálně grafiku nevyužil. Předpokládám, že to závisí na tom, co se zrovna počítá.

Napsat komentář

Vaše emailová adresa nebude zveřejněna.